Die gefüllten Becher werden mit Parafilm, einer sehr elastischen, dünnen Verschlussfolie bedeckt und die Verschlussfolie mit einigen Löchern versehen, damit in der Trocknungsanlage entstehender Wasserdampf austreten kann. Nach dem sorgfältigen Verschließen werden die Becher auf -80°C abgekühlt und somit tiefgefroren. Erst danach kommen die Proben in die Gefriertrocknungsanlage. Hier gehen die gefrorenen Wassermoleküle ohne nochmals flüssig zu werden sofort in die Gasphase über und treten aus der Lebensmittelprobe aus. So kann die Probe schnell und schonend getrocknet werden. Um festzustellen, wann die Probe fertig getrocknet ist, werden die Proben im Abstand von 2 bis 3 Tagen gewogen und das Gewicht festgehalten. Verändert sich das Gewicht bei zwei aufeinanderfolgenden Wägungen nicht, ist die Probe vollständig getrocknet. Solange die Probe aber an Gewicht verliert, verliert sie auch noch Wasser, ist also nicht trocken.